複数のフィルターを設定しているために、矛盾した条件になっていると考えられます。
フィルターが複数ある場合、優先順位が上の方から条件を適用し、メールを振り分けていきます。
優先順位1位の条件で「nifty.comを差出人に含むメールをフォルダーAに振り分ける」となっている場合、優先順位2位で「差出人がtaro@nifty.comのメールをフォルダーBに振り分ける」と設定しても、1位の条件ですでにフォルダーAに振り分けられてしまっているため、フォルダーBには振り分けられません。
このような場合は、フィルターの優先順位を変更してください。
操作方法については以下のページをご覧ください。
なお、「受信拒否アドレス」や「受信拒否条件」を設定している場合は、フィルターよりも優先して適用されます。
フィルターと「迷惑メールフォルダー」を併用している場合は、フィルターの方が優先して適用されます。